然而硒鈷脫色中也存在著各種問題，這些問題都會影響玻璃的脫色，因此，我們需要很好的了解問題的產生原因，進而更好的解決問題。

1、 硒是易揮發物質，為了減少硒的揮發，在配料中應盡量使用無水或含水少的料，因水有加速硒揮發的作用。使用硒的化合物以代替硒粉有利于減少硒的揮發。

2、 白砒（與硝酸鹽共用時）時氧化劑，它能使紫色的單質硒轉變為無色的亞硒酸鹽，因而導致硒的用量相應增大。例如在100kg玻璃中，在含As₂O₃0.1%(質量分數)的情況下，需要3~4g的硒，如果不加As₂O₃，硒的用量可減少到0.4~0.5g。因此白砒用量越大，硒的用量也越大。白砒還有促進硒鈷脫色玻璃在退火和曝曬過程中的變色現象，這些都是白砒的不利因素。但白砒有穩定硒鈷脫色的作用，因為白砒在玻璃中以As₂O₃和As₂O₅兩種狀態存在。在玻璃熔制過程中，當氧化還原條件波動時，白砒起著“緩沖劑”的作用，從而增加脫色的穩定性。氧化銻也有類似的作用。

3、 硒鈷脫色玻璃在退火過程中，常發生顏色變深的現象，例如由紫磚棕，由無色變紫或紫色加深等。一般認為在退火是，爐內還原性氣體擴散進入玻璃內部，使無色的亞硒酸鹽分解成紫色單質硒（Na₂SeO₃=Na₂O+SeO₂=Na₂O+Ce+O₂所致。擴散是由表及里的過程，因此在退火過程中脫色玻璃是表面層色深，內層色淺，形成顏色梯度現象。也有人認為退火中顏色加深是硒著色玻璃的顯色現象。由于硒鈷脫色玻璃具有退火變色的特性，因此在生產實踐中，必須根據退火中的變色情況，對硒鈷用量和熔制工藝作適當的估計和調整。

鉛玻璃不能用硒鈷脫色，因為會形成硒化鉛，使玻璃產生棕色。鉛玻璃一般用氧化鎳脫色。